坚持独立自主自办原则，是基于我国曾经长期遭受帝国主义侵略和掠夺、有的宗教被帝国主义控制和利用的历史事实，我国信教群众作出的自主选择，为我国社会各界所欢迎，并得到世界许多国家宗教组织和人士的理解和支持。但随着对外开放的扩大，在我国宗教界与世界各国宗教界的友好交往日益增多的同时，境外利用宗教对我国进行渗透的问题也日益突出。一些外国宗教组织企图重返中国，恢复旧有的隶属关系和在宗教上的特权，重新控制我国的宗教。一些国际敌对势力为加紧对我国实施西化、分化的战略图谋，打着“宗教自由”的旗号同我们争夺人心，其目的不仅在于扩大某种宗教的影响，更在于在意识形态领域同我们争夺群众，从根本上动摇我们党的执政基础，企图颠覆中国共产党的领导和我国社会主义的国家政权。对此，胡锦涛同志讲话和《意见》强调：“要切实加强抵御境外利用宗教进行渗透的工作。”我们一定要从党和国家事业发展的全局和战略的高度，正确判断形势，充分认识境外利用宗教对我国进行渗透的现实危害性和做好抵御渗透工作的长期性、复杂性、紧迫性，统一思想认识，采取有效措施，坚决抵御利用宗教对我国进行的渗透，巩固和发展我国当前团结稳定的政治局面。
各级领导干部思想上必须明确，越是扩大开放，越要抵御渗透，越要把工作做好做实。绝不允许任何境外宗教势力重新控制我国的宗教，绝不允许任何境外宗教团体和个人干预我国宗教事务，绝不允许任何境外宗教组织用任何方式在我国传教。对扩大开放条件下境外利用宗教加紧渗透问题，要心中有数、掌握主动，提高本领、防范有力。要把抵御渗透同加强爱国主义、集体主义、社会主义教育结合起来，同解决信教群众生产生活的实际困难结合起来，同提高全体人民的科学文化素质结合起来，同加强党的基层组织和基层政权建设结合起来。要把境外利用宗教进行渗透和宗教界的正常对外交往区别开来，鼓励和支持我国宗教界在独立自主、平等友好、互相尊重的基础上开展对外交往和对外宣传，使我国的宗教政策和宗教工作得到国际社会更多理解和支持。既不能因为交往就对渗透丧失警惕，也不能因为抵御渗透而断绝正常交往。
各级党委和政府要进一步加强领导，将抵御宗教渗透工作纳入议事日程。要对宗教界加强坚持独立自主自办原则的教育，使他们在思想上、行动上自觉地抵御渗透。要加强调查研究，特别要注意研究国际、国内形势的变化发展，我国加入世界贸易组织以及互联网迅速发展等新情况给我国宗教工作带来的影响，及早制定应对措施，不断完善有关政策和法规，牢牢掌握抵御宗教渗透工作的主动权。要及时打击暴力恐怖势力、宗教极端势力、民族分裂势力和邪教组织的分裂破坏活动。
